Dibina pada 1279 Masihi (678 Hijrah), semasa pemerintahan Mamluk Sultan Al Mansur Qalawun,[1] struktur asalnya diperbuat daripada kayu dan tidak berwarna,[3] dicat putih dan biru dalam pemulihan kemudian. Selepas kebakaran serius melanda masjid pada 1481, kubah telah terbakar, dan projek pemulihan telah dimulakan oleh Sultan Qaitbay yang telah menggantikan sebahagian besar tapak kayu dengan struktur bata untuk mengelakkan keruntuhan kubah pada masa hadapan, dan menggunakan plat plumbum untuk menutup kubah kayu baharu. Bangunan itu, termasuk makam Nabi, telah diperbaharui secara meluas melalui naungan Qaitbay.[4] Kubah semasa telah ditambah pada tahun 1818 oleh Sultan Uthmaniyyah Mahmud II.[5] Kubah ini mula dicat hijau pada tahun 1837.[2]

Apabila Saud bin Abdul-Aziz mengambil Madinah pada tahun 1805, pengikutnya, Wahhabi, merobohkan hampir setiap kubah makam di Madinah berdasarkan kepercayaan mereka bahawa pemujaan makam dan tempat yang didakwa memiliki kuasa ghaib adalah satu kesalahan terhadap tauhid.[6] Makam itu telah dilucutkan daripada perhiasan emas dan permatanya, tetapi kubah itu dipelihara sama ada kerana percubaan yang tidak berjaya untuk merobohkan struktur kerasnya, atau kerana beberapa ketika dahulu Ibn Abd al-Wahhab menulis bahawa dia tidak mahu melihat kubah itu musnah walaupun. kebenciannya kepada orang yang bersolat di kubur.[7] Peristiwa serupa berlaku pada tahun 1925 apabila pihak Saudi merampas semula—dan kali ini berjaya mengekalkan—bandar itu.[8][9][10] Kebanyakan ulama Islam terkenal mazhab Wahhabi menyokong keputusan yang dibuat oleh pihak berkuasa Saudi untuk tidak membenarkan pemujaan makam kerana ia dibina jauh lebih lama selepas kewafatan Muhammad dan menganggapnya sebagai bidaah.[11]